Di seguito tutte le operazioni effettuate dalla società azzurra per quanto riguarda il settore giovanile
Sono arrivati in azzurro:
Marco Curto (1999) a titolo definitivo
Lorenzo Jorio (2000) a titolo definitivo
Alessio Gianneschi (2000) a titolo temporaneo con diritto di opzione dalla Robur Siena
Diogo Rafael Dos Santos Almeida (2000) a titolo temporaneo con diritto di opzione dall´SC de Espinho
Gianmarco Scapin (1999) a titolo definitivo dalla Juventus
Niccolò Vivoli (2001) a titolo definitivo dall´Affrico Calcio
Francesco Folino (2002) a titolo temporaneo con diritto di opzione dalla Reggiana
Lorenzo Capicchioni (2002) a titolo definitivo dalla Fed. Sanmarinese
Borna Bilobrk(2001) a titolo definitivo dall´NK Orijent 1919 Rijeka
Jacopo Fazzini (2003) a titolo definitivo dal Capezzano Pianore
Filippo Ricci (2003) a titolo definitivo dal Tau Calcio
Tommaso Ricci(2003) a titolo definitivo dal Tau Calcio
Pietro Romanini (2003) dal Valentino Mazzola
Hanno invece lasciato l´Empoli:
Tommaso Aglietti (2000)a titolo definitivo all´Entella
Giancarlo Aprile (1999) a titolo temporaneo all´Arconatese
Sehadin Arapi (1999) a titolo temporaneo al Matelica
Cristiano Bani (1999) a titolo definitivo alla Pro Vercelli
Filippo Bellagamba (2000) a titolo definitivo alla Colligiana
Nicola Bozzi (2000) a titolo temporaneo al Prato
Federico Casanova (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Livorno
Manuele Castorani (1999) a titolo temporaneo al Ponsacco
Giorgio Cavalli (2000) a titolo definitivo al Pontedera
Nicolò Cecchi (2000) a titolo definitivo alla Colligiana
Filippo Chiti (1999) a titolo temporaneo al Tuttocuoio
Tommaso Di Renzone (1999) a titolo temporaneo al San Donato
Matteo Favilli (1999) a titolo temporaneo al San Donato
Emanuele Fenderico (1999) a titolo temporaneo al Ligorna
Alessio Forcinella (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Prato
Valerio Ghelardoni (1999) a titolo definitivo al Ponsacco
Davide Gisti (1999) a titolo definitivo al Montevarchi
Christian Langella (2000) a titolo definitivo al Pisa
Leonardo Lucchesi (1999) a titolo definitivo alla Lucchese
Alessandro Marconcini (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa
Marco Matteoni (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa
Giuseppe Montaperto (2000) a titolo temporaneo alla Juventus
Francesco Noccioli (2000) a titolo temporaneo al Livorno
Marco Olivieri (1999) a titolo temporaneo alla Juventus
Francesco Zaccagnini (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa
Thomas Zapparata (2000) a titolo definitivo alla Lucchese
Fonte: Empoli Fc